Jakob Wahlen wuchs in Lützelflüh und Burgdorf auf und entschied sich bereits als Gymnasiast für den Pfarrerberuf. An den Universitäten Bern, Basel und Heidelberg absolvierte er das Theologiestudium. Seine erste Pfarrstelle (1957 - 1969) übernahm er in der Diasporagemeinde Malters LU.
1970 wurde er von der Schweizerischen Evangelischen Nilland-Mission zum Missionsleiter berufen. Diese Aufgabe führte er während fast 30 Jahren mit grosser Liebe und Hingabe aus. Ein besonderes Anliegen war ihm eine gute Verankerung der Mission in der ref. Landeskirche. Als Netzwerker vertrat er die Missionsprojekte mit Geschick und Eifer in den Gremien von BFA, SEMR, DEZA, SDW usw. Aber oft führten ihn auch lange Reisen in die verschiedenen Missionsprojekte. Zuerst waren es Ägypten, Sudan und Eritrea.
Unter seinem unermüdlichen Einsatz entstanden neue Projekte in Äthiopien, Tunesien, Ruanda, Ost-Kongo und Tansania. Diese grosse Aufgabe konnte Jakob Wahlen nur tun, weil seine Familie, besonders aber seine Frau Agatha, ihn treu unterstützte.
Nach seiner Pensionierung setzte er sich nicht etwa in den Ruhesessel. Täglich informierte er sich über das Ergehen seiner geliebten „Afrikaner“ und unterstützte die Mission weiterhin mit all seinen Kräften.
Jakob Wahlen war ein ausserordentlich begabter und bescheidener Mann der Mission. An seiner Konfirmation durfte Jakob Wahlen den Bibelvers „Dein Wort ist meines Fusses Leuchte und ein Licht auf meinem Wege“ (Ps. 119,105) entgegennehmen. Dieses kraftvolle Wort begleitete ihn durch sein ganzes Leben und nahm stets erste Priorität ein.